江苏省中医药研究院、江苏省中西医结合医院始建于1956年，首任所长为著名中医药学家、学部委员（院士）叶桔泉教授。2013年6月，成为中国中医科学院首个地方分院，2023年7月，增挂“江苏省职业病医院”，是专业从事中医药研究的省属公益类科研机构、综合性三级甲等中西医结合医院，同时还是南京中医药大学附属中西医结合医院、第三临床医学院，是全国首批重点中西医结合医院、国家药物临床试验机构、国家中医类别全科医师规范化培训基地、国家中医住院医师规范化培训重点专业基地、国家中医紧急医学救援队伍及基地依托医院、江苏省中医综合类紧急医学救援基地、江苏省平安医院和老年友善医疗机构优秀单位、南京市健康促进医院。2017年入选全国中医药传承创新工程省级中医药科研机构项目储备库，2018年成为国家中医临床研究基地建设单位，2022年被列入国家中医药传承创新中心项目储备库，获批成为江苏省公立医院高质量发展省级试点建设单位。2023 年成为省级公立医院高质量发展试点建设单位，获批南京市中医药传承创新发展示范试点项目（旗舰医院建设）。2024 年9 月医院外科病房暨转化医学综合楼进入试运行阶段。医院 2022 年国考等级为 A 等，全国排名第 7。
医院长期以来注重质量管理和内涵提升。目前单位单位占地面积 64 亩，建筑面积16万平方米，核定床位1000 张，设有33 个临床科室，9个医技科室。现有设备包括3.0T核磁共振（MRI）、数字减影血管造影（DSA）、脊椎微创手术导航 系统、复合手术室等国际国内领先的医疗设备设施。建立了甲状腺疾病、脊柱退行性疾病、消化道肿瘤、心脑血管与危急重症疾病、妇儿疾病中西医结合防治优势学科群。消化科为国家卫生部（原）临床重点专科、国家中医药管理局“十二五”重点专科；骨伤科、心血管科为国家中医药管理局“十一五”重点专科；重症医学科为国家中医药管理局“十二五”重点专科；心血管科、消化科（脾胃病科）、肿瘤科、骨伤科、急诊科入选国家中医优势专科建设单位；呼吸与危重症医学科、妇产科、内分泌代谢病科为国家中西医协同“旗舰”科室建设单位。心血管科、妇产科、呼吸与危重症医学科、消化科、骨伤科、肿瘤科、内分泌代谢病科、普外科、儿科、肾科、老年医学科、神经内科为江苏省中医重点专科，药学部为省级中医重点专科（Ⅱ类）建设单位。消化科为江苏省中医重点学科。内分泌代谢病科为江苏省医学重点学科、瘿病江苏省中医诊疗中心、江苏省中医内分泌专业指控中心主任单位，承担国家重大疑难疾病瘿病中西医临床协作试点项目和强化建设项目，入选中国医师协会肿瘤消融治疗技术基地。超声科、耳鼻咽喉科、护理专业为南京市重点专科建设单位。医院牵头成立区域外专科联盟 4 个，分别是肿瘤科牵头成立了“长三角消化道肿瘤联盟”、消化科牵头成立了“长三角中西医结合消化联盟”、骨伤科牵头成立了“江苏省中医紧急医学救援联盟”、内分泌代谢病科牵头成立了“江苏省甲状腺疾病联盟”。急诊科是江苏省中医系统唯一的国家中医优势专科建设单位，牵头成立江苏省中医急诊专科联盟。
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